L’entretien de fonctionnement est l’occasion idéale d’aborder des solutions aux problèmes relatifs au fonctionnement d’un membre du personnel ou aux objectifs qu’il doit atteindre. Ces problèmes peuvent concerner l’organisation ou le fonctionnement du service, mais aussi l’accompagnement de l'évaluateur ou encore des facteurs externes. Pendant l’entretien de fonctionnement, on peut aussi aborder le développement du membre du personnel dans une fonction ainsi que les perspectives de carrière.
Sauf exceptions (si l’évalué change de régime de travail ou au retour d’une absence de plus de 70 jours) les entretiens de fonctionnement ne sont pas obligatoires. Ceux-ci s’intègrent cependant logiquement dans la chaîne "planifier/faire/suivre/évaluer". L’entretien de fonctionnement peut être demandé par l'évaluateur ou l'évalué si l’un d’eux l’estime nécessaire.
Ces entretiens sont consignés et documentés dans un rapport.